GROMACS

一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包

原子尺度方面的材料模拟软件包，它基于第一性原理，利用平面波基组、赝势方法进行电子结构计算、分子动力学模拟

结构力学数值模拟的免费软件，主要由EDF研发部门的“机械和声学分析”部门开发

一个由python编译实现的的晶体声子分析程序，基于第一性原理的声子计算软件的免费软件

从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包，可以处理环境的影响和相对论效应，特别着重于开壳层分子的光谱计算

用于多尺度，多物理的海洋动力学模型模拟计算，对研究水体采用非结构网格划分

中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具

使用标准量子力学方法描述电子波函数或密度，计算分子和周期性系统的特性，还可进行经典分子动力学和自由能模拟