Phylip

免费的开源软件包，用于通过有限差分时域（FDTD）方法模拟电磁系统

一个由python编译实现的的晶体声子分析程序，基于第一性原理的声子计算软件的免费软件

由EDF自1997年起自主研发的一款通用计算流体力学开源软件

并行ClustalW

国际TOP500组织发布的，全球已安装的超级计算机系统排名

一款著名的从头算分子动力学软件

用于模拟纳米结构的量子输运性质（电导），通过实空间的Wannier function来描述体系的哈密顿量

是一种快速灵敏的比对程序，用于将下一代测序读数（包括DNA和RNA）映射到人类基因组群体（以及单个参考基因组）