DOCK

用于多尺度，多物理的海洋动力学模型模拟计算，对研究水体采用非结构网格划分

用于大型和复杂宏基因组学NGS读取的单节点汇编程序，例如土壤

一款很经典的构建进化树的软件

宇宙学和天体物理研究中经常用到的一款重要的程序包

原子尺度方面的材料模拟软件包，它基于第一性原理，利用平面波基组、赝势方法进行电子结构计算、分子动力学模拟

用于拼接短序列组装

可以拼接来自多个平台的测序数据

NCBI BLAST的免费开源并行实现。通过数据库碎片，查询分段，智能调度和并行I/O有效利用分布式计算资源，mpiBLAST将NCBI BLAST性能提高了几个数量级，同时扩展到数百个处理器。